В годы войны 1941-1945 годов были приложены все усилия для обеспечения учебного процесса трех крупных высших учебных заведений, эвакуированных вместе с нашим институтом, – Объединенного украинского университета, Московского института механизации и электрификации сельского хозяйства и Крымского медицинского института. Война закончилась, учебные заведения вернулись на свои места, а книжный фонд остался в Кызылординском пединституте. Так, по-разному и с разными судьбами собиралась коллекция редких книг библиотеки. Это: справочники, учебники, научная и художественная литература. Большинство из них считались старыми по содержанию и хранились в библиотечных архивах.

На основании приказа Мининстерства Высшего образования СССР № 50 от 1988 года из библиотеки была отобрана редкая литература и открыт отдел, насчитывающий более 5000 книг.

Особенности редких литературных книг: во-первых, они хорошо сохранились, несмотря на то, что были напечатаны в очень ранние годы, во-вторых, оформление их обложек, соответствующее содержанию каждой книги, повышает их ценность. В этом фонде собрана литература на старославянском, русском, корейском, немецком, английском и латинском языках, изданные в 1760-1947 годах.

К числу «старейших» и уникальных книг относится произведение «Древняя история об Египте, Карфагене, об Ассириане, о Вавилонии, о Мидиане, о Персахе, о Македонии и о Греции», изданное в 1760 году императрицей Екатериной II в 1894 году в Петербурге. Кроме того, в фонде имеются рукописи поэтов земли Сыра, написанные на арабском языке и старотюркском языке.